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在真核細胞中進行蛋白質翻譯時，體外轉錄的mRNA必須加帽并具有polyA尾。衡量加帽率的黃金標準技術之一是使用生物素標記的DNA探針與近5’端mRNA的雜交RNA進行RNase H消化，隨后進行純化和質譜分析。類似的分析也可用于衡量polyA的長度。然而，這些基于液相色譜-質譜（LC-MS）的方法成本高昂且操作復雜。宜明生物獨創的基于DNA酶的高分辨率毛細管電泳法，可快速準確地估算mRNA的加帽率和polyA尾的長度。

基于DNA酶的毛細管電泳法分析mRNA加帽和polyA尾的原理示意圖

首先，根據mRNA兩端附近的候選序列（通常在5’非翻譯區（5’-UTR）和3’非翻譯區（3’-UTR）內）篩選位點特異性DNA酶。具有足夠切割活性的選定DNA酶會在mRNA兩端附近切割mRNA，產生5’端帶帽或不帶帽的小片段，或3’端帶有不同長度polyA尾的片段。

隨后，DNase I處理以消化DNA酶，并在通過高分辨率毛細管電泳（CE）分析前對所得RNA片段進行純化，該電泳可區分具有最小1個核苷酸（nt）差異的RNA片段。

加帽的mRNA將產生比未加帽的mRNA長1~2個nt的CE峰。5’端較長峰與較短峰的比率可用于估算mRNA的加帽率。另一方面，通過計算3’端切割片段的長度，并減去切割位點與polyA尾之間序列的長度，可以計算出polyA尾的長度范圍。

基于DNA酶的高分辨率毛細管電泳是一種廉價、易用且準確的方法，可用于mRNA質量控制，包括加帽率和polyA尾長度的評估。

1-基于毛細管電泳，較之傳統質譜法成本更低

比液相色譜-質譜（LC-MS）便宜得多，使其能夠被更廣泛的研究人員和機構所使用。不需要專門的LC-MS知識和昂貴的設備即可進行操作。

2-檢測快速，可準確定量 

節省時間，因為整個過程可以在2~3小時內完成。可以同時在一個反應中分析加帽效率和polyA尾部長度（為mRNA的每個末端混合兩種DNA酶）。